O livro começa com o narrador iniciando uma viagem de Lisboa a Santarém. Quando chegou ao seu destino, o narrador começou a fazer comentários através da observação de uma janela e é a partir daí que se inicia a história de amor entre Joaninha e Carlos.
No romance, Joaninha é uma jovem que vive apenas com a avó, D. Francisca. De semana a semana ambas recebem a visita de Frei Dinis, que traz notícias do neto de D. Francisca, Carlos. Ele está ausente da cidade já há alguns anos e faz parte do grupo de D. Pedro na guerra contra os Abslutistas liderados por D. Miguel. Frei Dinis e D. Francisca guardam algum segredo sobre Carlos.
Quando a guerra chega a Santarém, Carlos resolve voltar à cidade e é quando ele reencontra a sua prima Joaninha. Mas o que Joaninha não sabia é que Carlos tinha uma esposa em Inglaterra, chamada Georgina, e isso fez com que ele ficasse na dúvida se contava ou não à prima.
Ferido durante a guerra, Carlos fica hospedado próximo da casa de Joaninha. Depois de se recuperar, ele pede para que D. Francisca revele o segredo que ela esconde. Então, ela acaba contando que Frei Dinis é o pai de Carlos e que sua verdadeira mãe já morreu.
Georgina diz ao marido, Carlos, que ouviu o Frei Dinis dizer que Carlos e Joaninha têm uma história de amor e por isso diz a Carlos que não o ama mais.
Carlos pediu perdão à esposa e confessa não amar mais a sua prima Joaninha, mas Georgina não o aceita de volta.
Na parte final da obra, sabemos por Frei Dinis o destino das personagens: Carlos largou as paixões e começou sua carreira na política como barão, mas depois de um tempo desapareceu. Joaninha, sem o seu grande amor, e D. Francisca morreram. Georgina foi para Lisboa.